繼對質量管理體系獲證企業和食品企業開展認證有效性監督檢查之后，2006年，國家認監委開展了第三次針對環境管理體系獲證企業的認證有效性監督檢查，同時對相關認證機構的認證檔案進行了抽查。檢查結果表明，被查企業的總體環境管理效果較明顯，可以滿足環境管理體系標準的要求。

　　本次檢查涉及65家環境管理體系認證機構和316家獲證企業，重點選取了化工、紡織、印染、電子等污染問題較多的行業，以中小企業為主，兼顧一些其他環境風險因素高的企業。實際檢查285家企業，通過對實際檢查的獲證企業進行統計分析，獲證企業平均得分84.2分，對應的認證審核檔案平均得分93.6分。

　　這是認監委成立以來首次以環境管理體系獲證企業及認證檔案作為檢查對象，將獲證企業檢查與檔案檢查兩項工作合并進行統一策劃與組織。檢查邀請了環保專家參加，確保了檢查工作的專業化。

　　檢查發現，多數企業具備環境守法證明，能夠自覺進行自我監控或委托外部監測機構進行符合性的監測，達標情況較好。絕大多數企業能夠建立較完善的環境管理體系，識別自身的環境因素并對重要環境因素實施了管理。認證檔案管理水平明顯提高。在實際檢查的285家獲證企業中，有215家企業得分在80分以上，占總數的75％。

　　通過檢查也發現部分獲證企業存在的一些問題，如部分獲證企業無法向檢查組提供證明其法規符合性的材料、個別企業對現場廢棄物和化學品的管理不到位等。國家認監委將對存在嚴重問題的2家機構立案調查，對存在問題比較突出的機構給予了書面告誡。