我國對地理標志產品保護實施兩級管理。國家質檢總局作為地理標志產品保護工作的主管部門，組織對地理標志產品保護申請進行審核、確認保護地域范圍、產品名稱和專用標志的注冊登記等管理工作。
    產品所在地的出入境檢驗檢疫局和質量技術監督局是具體開展保護地理標志產品工作的機構，負責對地理標志產品進行日常監管。出口企業的地理標志產品的保護工作主要由出入境檢驗檢疫部門負責；其他地理標志產品的保護工作主要由質量技術監督部門負責。具體主要包括：對地理標志產品保護申請提出初審意見，指定檢驗機構承擔地理標志產品保護的質量檢驗，受理和審核使用地理標志產品專用標志的申請，對地理標志保護產品實施保護、查處違法行為和進行日常監督管理等等。